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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
30/12/2020 |
Data da última atualização: |
30/11/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; BORRO, L.; NESHICH, G. |
Afiliação: |
IVAN MAZONI, CNPTIA; JOSE AUGUSTO SALIM, USP; FABIO ROGERIO DE MORAES, Unesp; LUIZ BORRO, CPqD; GORAN NESIC, CNPTIA. |
Título: |
A comparison between internal protein nanoenvironments of α-helices and beta-sheets. |
Ano de publicação: |
2020 |
Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 15, n. 12, p. 1-13, Dec. 2020. |
DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0244315 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Artigo e0244315. |
Conteúdo: |
In this paper we would first like to address a full characterization of the nanoenvironment found at beta sheet locations and then compare those characteristics with the ones we already published for alpha helical secondary structure elements. For such characterization, we use here, as in our previous work about alpha helical nanoenvironments, set of STING protein structure descriptors. |
Palavras-Chave: |
Análise multivariada da variância; Estrutura proteica; Multivariate analysis of variance; Nanoambiente. |
Thesaurus Nal: |
Protein structure. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/219789/1/AP-Comparison-between-PlosOne-2020.pdf
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Marc: |
LEADER 01176naa a2200253 a 4500 001 2128873 005 2023-11-30 008 2020 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0244315$2DOI 100 1 $aMAZONI, I. 245 $aA comparison between internal protein nanoenvironments of α-helices and beta-sheets.$h[electronic resource] 260 $c2020 500 $aArtigo e0244315. 520 $aIn this paper we would first like to address a full characterization of the nanoenvironment found at beta sheet locations and then compare those characteristics with the ones we already published for alpha helical secondary structure elements. For such characterization, we use here, as in our previous work about alpha helical nanoenvironments, set of STING protein structure descriptors. 650 $aProtein structure 653 $aAnálise multivariada da variância 653 $aEstrutura proteica 653 $aMultivariate analysis of variance 653 $aNanoambiente 700 1 $aSALIM, J. A. 700 1 $aMORAES, F. R. de 700 1 $aBORRO, L. 700 1 $aNESHICH, G. 773 $tPlos One$gv. 15, n. 12, p. 1-13, Dec. 2020.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Registros recuperados : 34 | |
2. | | BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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4. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Plos One, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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6. | | SALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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9. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Surface hydrophobicity index (SHI): insight into the mechanisms of protein-protein associations. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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10. | | MAZONI, I.; SALIM, J. A; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Structure function relationship de convoluted to a level of physical chemical descriptors: case study - lysozyme / lactalbumine differences. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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11. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Size matters: surface hydrophobicity index (SHI) describes the impact of the size of interface area on oligomerization driven by hydrophobic effect. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISMB, 2012. Não paginado. 3Dsig 2012.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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12. | | SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. MSSP: a web-based application for analysis of selected parameter from multiple structures in a graphical manner. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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13. | | NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Pathogenic Prion Proteins (PrP) have higher electrostatic potential pattern than normal cellular prion protein in a specific region. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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14. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; MAZONI, I.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Generation of lipase B mutants with increased surface hydrophobicity in order to improve biodiesel catalysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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15. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 6. p. 101-117.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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16. | | MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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17. | | SALIM, J. A.; VON ZUBEN, F. J.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J.; NESHICH, G. Characterization of catalytic site residues using STING_DB structural descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISCB, 2012. Não paginado. Poster. 3DSIG 2012.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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18. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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19. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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20. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Computational Molecular Biology and its applications in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 6, p. 103-118.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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